Nelle paludi, in particolare in quelle d’acqua dolce, vivono molte specie acquatiche, con radici sommerse, ancorate al fondo o natanti, e foglie sommerse o appena emergenti. Queste piante vengono chiamate idrofite, letteralmente “piante d’acqua”. Tra queste il Morso di rana, il Poligono anfibio, varie specie di Brasca e Ranuncolo, la ninfea bianca.
Accanto a queste specie ve ne sono altre che, pur avendo le radici sommerse, presentano fusti e foglie emergenti fuori dall’acqua, queste specie sono dette elofite. Accanto alle più comuni Canna di palude e Tifa a foglie larghe, troviamo specie localizzate la Mestolaccia minore, il Coltellaccio maggiore e l’Erba saetta.

Queste piante vivono ai margini delle zone umide e nei prati umidi, poiché necessitano di un periodo di allagamento temporaneo, ma non sopravvivono con le radici sommerse per tutto l’anno.
Le specie più comuni si trovano anche lungo i fossetti di campagna, come nel caso di Salcerella, Bismalva, Consolida maggiore, Canapa acquatica. Altre sono meno comuni e si trovano solo ai margini di paludi e canali maggiori, come il Giunco fiorito e il Giaggiolo acquatico. Altre, infine, sono rare e localizzate, come l’Euforbia lattaiola o le stupende Campanelle maggiori, particolarmente abbondanti a Punte Alberete.

I numerosi boschi del Parco presentano caratteristiche diverse, a seconda del suolo e dell’umidità presenti. Ciò determina diverse composizioni forestali, con dominanza di specie arboree differenti. Accanto agli alberi, a caratterizzare un tipo di bosco piuttosto di un altro, concorrono le specie erbacee presenti nel rado sottobosco o nelle radure, come le celebri “spazzate” delle pinete.
Nelle radure più umide troviamo l’Aristolochia clematide o la Bugula, mentre sui suoli aridi e sabbiosi delle pinete vivono l’Eliantemo degli Appennini e l’Erba viperina; in condizioni intermedie troviamo specie comuni, come la Pratolina, accanto ad altre come il Raponzolo o l’Erba da spazzole.

Gli arbusteti palustri, lungamente inondati, rappresentano una sorta di mangrovie del Parco del Delta del Po, cui assomigliano per l’intrico dei fusti e le specializzazioni alla vita con le radici nel fango.
La specie dominante è il Salicone, che caratterizza il paesaggio delle paludi d’acqua dolce, rappresentando la fase di transizione tra il canneto e le aree asciutte. Accanto ad essa troviamo la Frangola, il Pallon di maggio e il Salice rosso nelle zone più umide, poi Spincervino, Sanguinello, Perastro e Ginestra dei tintori. Le ultime due specie, leggermente alotolleranti, sono presenti anche ai margini delle paludi salmastre.

Il sottobosco e il margine dei boschi sono protetti da folte macchie di arbusti, spesso spinosi. Essi costituiscono un habitat importante per molte specie animali e proteggono il bosco, contribuendo alla conservazione del microclima, ossia della particolare temperatura e umidità delle compagini forestali. Si tratta di specie mesofile, con belle fioriture e bacche lucenti, presenti spesso anche nelle siepi tra i coltivi o ai margini delle strade: Biancospino, Prugnolo, Ligustro, Rosa selvatica, Crespino, Fusaggine. Nei boschi aridi, invece, troviamo specie meno comuni, come la Rosa di San Giovanni, il Pungitopo, l’Emero.

Le piante delle spiagge e dune, dette psammofile, ossia amanti della sabbia, presentano particolari adattamenti. Hanno foglie coriacee per sopportare l’abrasione della sabbia spinta dal vento, peli fogliari per proteggersi dall’evaporazione durante le assolate estati, lunghi apparati radicali e foglie crassulente per raccogliere e accumulare l’acqua, che nella sabbia scompare rapidamente.
La prima linea è occupata dalla specie annuale Ravastrello marittimo, sulle dune mobili troviamo poi Erba kali, Vilucchio marittimo e via via, procedendo verso le dune consolidate, Zigolo delle spiagge, Erba medica marina, Calcatreppola.

La flora spontanea è oggetto di conservazione in tutto il territorio del Parco. Le piante non possono essere raccolte o danneggiate in nessun sito naturale del parco, sia esso valle, palude, pineta, duna. Deroga a questo divieto il permesso regolamentato di raccolta di alcuni prodotti del sottobosco. Quarantuno specie, tuttavia, sono particolarmente protette dalla norma di cui all’art. 4 della L.R. 2/77; tra queste specie sono degne di particolare rilievo: Cisto rosso, Elleborine palustre, Campanelle maggiori, Ninfea bianca, Alaterno, varie specie di Limonio e Orchidee.
Due specie sono protette dalla Direttiva 92/43/CEE, allegato II, si tratta di Salicornia veneta e Ibisco litorale.

Le Orchidee non vivono solamente nelle foreste pluviali dell’equatore, decine di specie fanno parte della nostra flora spontanea, di cui rappresentano alcuni dei fiori più belli.
Alla Famiglia delle Orchidee appartiene il numero maggiore di specie protette dalla L.R. n. 2/77, con ben 32 specie.
Tra esse sono di maggiore importanza quelle legate agli ambienti umidi palustri e prativi: Elleborine palustre, Orchidea acquatica, Orchidea palustre. Altre specie vivono nei boschi, come le graziose Cefalantera maggiore e Ballerina, oppure nei prati e sugli argini, come Orchidea screziata, giglio caprino, Ofride a fior d’api.