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Nonostante il territorio del parco sia fortemente antropizzato, ospita ancora ricche comunità animali e vegetali e conserva emergenze naturalistiche di gran pregio. Nel sistema di zone umide del Parco, ad esempio, svernano e/o nidificano migliaia di specie di uccelli, alcune delle quali molto rare, come il mignattaio, il marangone minore e la moretta tabaccata. Uno degli uccelli più caratteristici e appariscenti è il fenicottero rosa, che si riunisce in spettacolari assembramenti soprattutto nelle Valli di Comacchio e nelle Saline di Cervia.
Nel complesso, il Parco vanta 441 specie di vertebrati e circa 1.000 specie floristiche, una ricchezza favorita dalla presenza di ambienti molto diversificati e con spiccate caratteristiche di naturalità, pur trovandosi in zone fortemente antropizzate.
In molti casi, tuttavia, le aree naturali si presentano come “isole relitte” (esempio tipico è il Gran Bosco della Mesola, circondate da campi coltivati, strade, abitazioni.
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